Undian babak 32 besar Liga 3 2019 telah dilakukan dengan membagi 8 grup. Adapun laga 32 besar dimulai 12, 14, dan 16 Desember mendatang dengan memakai sistem home tournament.
Selanjutnya babak 8 Besar dimulai tanggal 22, 24 dan 26 Desember dengan kembali memakai sistem home tournament. Juara grup langsung ke final digelar 29 Desember.
1. Grup A di kandang Tiga Naga, grup B di Idi
– Grup A:
KS Tiga Naga
Karo United
Persikota Tangerang FC
Tornado FC
– Grup B:
Persidi Idi
757 Kepri Jaya FC
PSBL Langsa
Persibri Batanghari
2. Grup C dengan tuan rumah PSKC Cimahi, grup D digelar di kandang Persiba Bantul
– Grup C:
PSKC Cimahi
Persekat Tegal
Persistas Tasikmalaya
Persibas Banyumas
– Grup D:
Persiba Bantul
Sleman United
Persinga Ngawi
Protaba Bantul
3. Grup E digelar di Jepara, grup F di Giri
– Grup E:
Persijap Jepara
Perseden Densapar
Persidago Gorontalo
PS Mamuju Utara
– Grup F:
Putra Sinar Giri FC
Gaspa 1958 Palopo
PSN Ngada
PSIL Lumajang
4. Grup G tuan rumah Persigo, Grup H digelar di Tulungagung
– Grup G:
Persigo Semeru FC
Persedikab Kediri
Tarakan Banten Jaya
Persiter Ternate
– Grup H:
Perseta Tulungagung
PSID Jombang
Bontang City FC
Persemi Mimika
*Tim teratas menjadi tuan rumah
